Việc chọn gỗ làm bàn thờ không chỉ phải đảm bảo yếu tố thẩm mỹ mà còn phải chú ý đến sự bền vững và khả năng chống mối mọt. Gỗ cần phải là loại không sinh ra khí độc hại và có độ bền cao để tránh tình trạng hỏng hóc, gãy vỡ, gây lo lắng cho gia đình.
Các loại gỗ như gỗ mít (không có rác), gỗ dổi, vàng tâm, gỗ hương, gỗ gụ, gỗ thông, gỗ tràm đều là những lựa chọn tốt cho bàn thờ. Tuy nhiên, cần lưu ý rằng gỗ mít nếu có rác thì dễ bị mối mọt, còn gỗ thông nhẹ và thơm nhưng cũng cần phải xử lý tốt để không bị mối mọt.
Ngoài ra, cũng cần phải chú ý đến yếu tố tài chính để chọn loại gỗ phù hợp với ngân sách của gia đình, vì mỗi loại gỗ có giá trị khác nhau. Khi chọn gỗ, sự cẩn trọng trong việc chọn lựa chất liệu và xử lý gỗ là rất quan trọng để bảo vệ không gian thờ tự lâu dài và ổn định.