Câu chuyện về Tháp Rùa và truyền thuyết xoay quanh việc bá hộ Kim chôn cha mẹ mình dưới tháp quả thật rất ly kỳ và bí ẩn. Dù truyền thuyết này không có căn cứ xác thực, nhưng nó vẫn là một phần của lịch sử và văn hóa dân gian, làm cho Tháp Rùa trở thành một điểm đến đầy huyền thoại và bí ẩn.
Về việc thờ cúng tại Tháp Rùa, theo những gì được ghi nhận trong lịch sử, tháp được xây dựng không phải để thờ riêng cha mẹ của bá hộ Kim, mà có thể để thờ thần linh, hoặc thờ những nhân vật có liên quan đến sự tích của Hồ Gươm.
Theo các ghi chép lịch sử, từ thời vua Lê Thánh Tông, khu vực này đã là nơi nhà vua câu cá, và đến thời Lê Trung Hưng, Chúa Trịnh đã cho dựng đình tà vọng trên đó. Mặc dù trong suốt lịch sử, nhiều lần khu vực này đã có sự thay đổi về mục đích sử dụng, nhưng Tháp Rùa hiện nay vẫn giữ nguyên một ban thờ vô danh, không rõ là thờ ai cụ thể.
Nhiều người tin rằng ban thờ ở Tháp Rùa có thể thờ thần hồ, hay thần Kim Quy, một vị thần trong truyền thuyết liên quan đến Hồ Gươm. Thần Kim Quy là một biểu tượng của sức mạnh và sự bảo vệ của hồ, cũng như có mối liên hệ với sự tích rùa vàng trong truyền thuyết "Lý Thái Tổ trả gươm". Chính vì vậy, ban thờ hiện tại có thể là để thờ thần Kim Quy hoặc những thần linh có liên quan đến sự thiêng liêng của hồ và tháp.